Xuất phát từ tầm quan trọng của công tác giáo dục quốc phòng cho học sinh, sinh viên trong giai đoạn cách mạng mới, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 07/2003/QĐ-TTg ngày 09 tháng 01 năm 2003 về việc phê duyệt Quy hoạch hệ thống trung tâm giáo dục quốc phòng sinh viên giai đoạn 2001-2010. Đến ngày 13 tháng 6 năm 2003, Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo đã ban hành Quyết định số 2683/QĐ-BGD&ĐT-TCCB về việc thành lập Trung tâm Giáo dục quốc phòng Khánh Hòa trực thuộc Trường Đại học Thủy sản. Theo đó, Trung tâm chịu sự chỉ đạo của Hội đồng Giáo dục quốc phòng khu vực và có nhiệm vụ, quyền hạn: Tổ chức giáo dục quốc phòng cho học sinh, sinh viên các trường trên địa bàn; tổ chức nghiên cứu khoa học sư phạm quân sự; tổ chức bồi dưỡng giáo viên giáo dục quốc phòng; Trung tâm là đơn vị sự nghiệp lấy thu để chi, có con dấu riêng; Hiệu trưởng Trường Đại học Thủy sản kiêm Giám đốc Trung tâm Giáo dục quốc phòng Khánh Hòa.
Việc thành lập Trung tâm Giáo dục quốc phòng Khánh Hòa có ý nghĩa rất quan trọng đối với công tác giáo dục quốc phòng cho học sinh, sinh viên trên địa bàn; đồng thời, là dấu mốc quan trọng trong sự phát triển của Trường Đại học Thủy sản (nay là Trường Đại học Nha Trang) đối với sự nghiệp giáo dục đào tạo của đất nước.
Năm 2017, thực hiện quy định đặt tên các Trung tâm Giáo dục quốc phòng và an ninh thống nhất trên phạm vi cả nước, Bộ trưởng Bộ GD&ĐT đã ban hành Quyết định số 432/QĐ-BGDĐT, ngày 15 tháng 02 năm 2017 về việc đổi tên Trung tâm Giáo dục quốc phòng Khánh Hòa thành Trung tâm Giáo dục quốc phòng và an ninh, Trường Đại học Nha Trang. Việc đổi tên Trung tâm vừa phù hợp với sự phát triển của công tác giáo dục quốc phòng và an ninh trong giai đoạn mới, vừa phù hợp với các quy định của pháp luật về công tác giáo dục quốc phòng và anh ninh, nhất là Luật Giáo dục quốc phòng và an ninh năm 2013; đồng thời, đây cũng là sự kiện đánh dấu bước trưởng thành, phát triển mới của Trung tâm sau gần 15 năm thành lập.
Trải qua hơn 21 năm xây dựng và phát triển, Trung tâm Giáo dục quốc phòng và an ninh, Trường Đại học Nha Trang đã góp phần nâng cao chất lượng nguồn nhân lực, góp phần xây dựng nền quốc phòng toàn dân gắn với nền an ninh nhân dân vững chắc trên địa bàn.
Hiện nay, Trung tâm đã và đang thực hiện chức năng, nhiệm vụ giảng dạy trong khuôn viên của Trường Đại học Nha Trang, địa chỉ số 02, đường Nguyễn Đình Chiểu, phường Vĩnh Thọ, thành phố Nha Trang, tỉnh Khánh Hòa. Mục tiêu trong những năm sắp tới, Trung tâm sẽ thực hiện các chức năng và nhiệm vụ ở cơ sở chính tại thôn Đồng Cau, xã Suối Tân, huyện Cam Lâm, tỉnh Khánh Hòa, cách trung tâm thành phố Nha Trang khoảng 25km về phía Nam, cách đường Quốc lộ 1A khoảng 1.5km, giao thông đi lại thuận lợi và có thể đào tạo khoảng 4.500 sinh viên/năm học.
Mọi cố gắng, nỗ lực phấn đấu vươn lên của chi bộ, Ban Giám đốc và toàn thể cán bộ, giảng viên, nhân viên của Trung tâm Giáo dục quốc phòng và an ninh trong hơn 21 năm qua luôn được Đảng ủy - Ban Giám hiệu Trường Đại học Nha Trang đánh giá cao và ghi nhận qua các thành tích đạt được. Tập thể Trung tâm Giáo dục quốc phòng và an ninh đã đạt danh hiệu “Tập thể lao động tiên tiến”, “Tập thể lao động xuất sắc”; Trung tâm và các bộ môn trực thuộc đã được Bộ trưởng Bộ GD&ĐT, Công đoàn ngành GD&ĐT Việt Nam, Đảng ủy - Bộ Tư lệnh Quân khu 5, UBND tỉnh Khánh Hòa tặng nhiều Bằng khen; Đảng ủy - Ban Giám hiệu Trường Đại học Nha Trang, Đảng ủy - Bộ CHQS tỉnh Khánh Hòa, Ban CHQS thành phố Nha Trang, Ban Chấp hành Công đoàn Trường nhiều lần tặng giấy khen; nhiều cá nhân của Trung tâm đã được các cấp khen thưởng.
Tự hào với những kết quả đạt được, đội ngũ cán bộ, giảng viên, nhân viên Trung tâm Giáo dục quốc phòng và an ninh luôn đoàn kết, khắc phục khó khăn, nỗ lực phấn đấu vươn lên, đạt nhiều thành tích mới, xây dựng Trung tâm vững mạnh toàn diện, hoàn thành xuất sắc mọi nhiệm vụ được giao, đóng góp tích cực vào xây dựng Trường Đại học Nha Trang ngày càng phát triển, xứng đáng với vị trí trung tâm đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao khu vực Nam Trung bộ và cả nước./.